自然界海水中有：浮游生物、微生物、虫及细菌等等。有的促使生物发生变化、繁殖，循环不识，使海洋始终保持眷生泰平衡。但将天然海水放入水族葙以后。因为有了生物生存的良好环境，消除了许多制约、因而许多有害细菌会大量繁殖，占据整个水族葙，侵袭鱼颣，使珊瑚死亡。故必须处理自然界的海水。
1 密封处理法：将装海水的塑料桶放在阴暗处，封密盖子，保持一定的温度，静置三个星期，桶内的海水将因浮游生物的死亡与繁殖而发生变化，此外，海水中的化学与生物变化已逐渐稳定下来，最初生成的氨气也已消失，用吸管吸去底部的污垢，再打气充氧，调整水温，就是优良的天然海水了。
2 硫酸铜处理法：每升海水加入5mg的硫酸铜，静置四天后，除去沉积污物，充氧气，一个星期后可以使用，但用此法杀菌，海水中含有残留的铜离子，对于无脊椎动物有严重的毒害，只能饲养鱼类，其它生物均不可饲养。
3 物理杀菌法：利用紫外线杀菌灯，或臭氧机，将海水中的菌虫消除，获取无菌虫海水。